Primera entrevista
Una Unidad de Gestión o Empresa que desee obtener la certificación de Gestión Forestal o de Cadena de Custodia, debe en primer lugar contactar con las entidades de certificación que operan en España, para informarse del procedimiento y de los costes estimados del proceso.

Preauditoría
Antes de iniciar el proceso de certificación en sí mismo, el propietario puede solicitar una preauditoría para identificar los posibles aspectos débiles de su gestión que pueden convertirse en precondiciones de cara a la obtención del certificado. Esta fase puede ser encargada a la entidad de certificación elegida, o bien, a un consultor externo que sea conocedor del proceso de certificación FSC. Las conclusiones de la preauditoría son confidenciales, es decir, no se hace difusión pública de ellas.

Solicitud y Proceso de consulta
Cuando el solicitante considera que está preparado para la auditoría principal, informa de ello al organismo certificador y realiza una solicitud formal para la certificación, momento a partir del cual se inicia el proceso de información y consultas a los interesados locales, (propietarios colindantes, asociaciones locales, administración, ONGs, centros de investigación...) con el fin de obtener la máxima información posible de la operación que se somete a evaluación.

Auditoría principal
En la auditoría principal, el equipo auditor se reúne con el solicitante para comprobar el cumplimiento de los estándares de certificación en el monte, visitando zonas clave como cursos de agua, zonas de aprovechamiento y regeneración, límites, etc y los documentos existentes, así como los procedimientos de seguimiento y venta de los productos para asegurar el futuro uso correcto de la marca y del logotipo FSC.

Informe y revisión independiente
Como resultado de esta auditoría, el equipo evaluador redacta un informe en el cual se recomienda o no la certificación del monte y las acciones correctoras de la gestión que se hayan de realizar, en caso de ser necesarias. Este informe es revisado por expertos independientes al proceso de certificación que lo examinan dando sus recomendaciones sobre la calidad técnica del mismo.

Certificado, auditorías anuales y resumen público
El organismo certificador emite, si procede, el certificado que autoriza al propietario el uso de la etiqueta FSC durante los próximos cinco años, periodo durante el cual se realizan visitas anuales de seguimiento, donde se evalúa el cumplimiento de las acciones correctoras y condiciones surgidas de la auditoría principal.
Finalmente, se redacta un resumen público del proceso de certificación que queda a disposición de cualquier interesado.