El FSC está formado por más de 700 miembros de 79 países, que representan a grupos sociales, organizaciones ambientales, silvicultores, empresarios forestales, organizaciones indígenas e investigadores, entre otros, comprometidos con la gestión forestal responsable. Su órgano superior es la Asamblea General, formada por tres cámaras (ambiental, social y económica), que se subdividen a su vez en dos subcámaras (países del Norte y países del Sur).

Esta estructura garantiza el equilibrio de intereses entre los diferentes sectores y entre países con diferente desarrollo económico, así como la independencia y la transparencia en la toma de decisiones.

El FSC cuenta con una oficina internacional ubicada en Bonn (Alemania) 4 oficinas regionales (Europa , América, África y Oceanía - Sureste Asiático) y una red de Iniciativas Nacionales presente en 34 países.